Закваску сама сделала, из ржаной муки и воды. Называется "вечная" - подкармливаешь ее мукой и водой свежими, и она годами в холодильнике живет. Честно говоря, точного рецепта я уже не помню, потому что делала года три назад. В целом принцип такой - смешиваешь муку с водой до консистенции густой сметаны, оставляешь в теплом месте, раз в сутки добавляешь муки-воды, и ждешь пока забродит. Если интересно - точный рецепт предлагаю загуглить.

(Там рецепт "вечной закваски" из пшеничной муки, но опыт показал, что из ржаной делать гораздо легче).
Мешаю и пеку в хлебопечке. Можно и руками, конечно, но моя экзема как-то против.
Стандартной программой для хлеба я не пользуюсь. Это особенность выпечки бездрожжевого хлеба - оно поднимается только один раз, дополнительных замешиваний не нужно. Поэтому я его замешиваю, закрываю (чтоб не заветривалось) и периодически контролирую. Когда поднялось - выпекаю.
В большинстве хлебопечек есть программа для замешивания теста, можно ее запускать при желании 2 раза подряд (хотя для ржаного хлеба смысла нет). А печь - либо на "выпечке", либо на "кексе", у кого что есть. Посмотреть по инструкции, какая из программ тупо печет, и время выставить побольше (я ставлю 1:10).
Наверное, если дрожжи сомнительного качества, тоже стандартной программой пользоваться не стоит.